MMFF94

MMFF94 Force Field(및 관련 MMFF94s)은 Merck에 의해 개발되었으며 MMFF94는 더 이상 약자로 간주되지 않지만 때때로 Merck 분자력장(Merck Molecular Force Field)이라고 불린다.

이 방법은 유기 및 약물과 유사한 분자 범위에서 우수한 정확도를 제공한다. 핵심 매개 변수화(parameterization)는 500개의 테스트 분자 시스템에 걸쳐 실험 데이터가 아닌 고품질 양자 계산에 의해 제공되었다.

이 방법에는 C, H, N, O, F, Si, P, S, Cl, Br 및 I의 일반적인 유기 원소(organic elements)를 포함한 광범위한 원자 유형에 대한 매개 변수가 포함된다. 또한 다음과 같은 공통 이온을 지원한다.
Fe⁺², Fe⁺³, F^-, Cl^-, Br^-, Li⁺, Na⁺, K⁺, Zn⁺², Ca⁺², Cu⁺¹, Cu⁺², and Mg⁺²

Open Babel 구현은 원자 타이핑을 자동으로 수행하고 이러한 요소를 인식해야 한다.

MMFF94는 다음과 같은 정보를 제공한다.
1. 기하학적 구조, 결합 길이, 각도 등을 최적화하는 데 탁월한 성능 발휘
2. 정전기 및 수소 결합 효과를 포함한 정보 제공

MMFF94를 사용할 경우 적절한 논문을 인용해야 한다.

1. Thomas A. Halgren, J. Comput. Chem., 17, 490-519(1996).
2. Thomas A. Halgren, J. Comput. Chem., 17, 520-552(1996).
3. Thomas A. Halgren, J. Comput. Chem., 17, 553-586(1996).
4. Thomas A. Halgren and Robert B. Nachbar, J. Comput. Chem., 17, 587-615 (1996).
5. Thomas A. Halgren, J. Comput. Chem., 17, 616-641(1996).
6. Thomas A. Halgren, J. Comput. Chem., 20, 720-729 (1999). 

일부 실험과 대부분의 이론적 계산은 고립된 구조의 니트로겐에서 중요한 피라미드형 "퍼커링(puckering)"을 보여준다. MMFF94s 변형은 방향족 아닐린(aromatic aniline)과 같은 특정 유형의 비국소 삼각 N 원자(delocalized trigonal N atoms)를 평면화하기 위해 약간 다른 평면 외 휨(out of plane bending) 및 이면체 비틀림(dihedral torsion) 매개변수를 갖는다.
이것은 용액 또는 결정 구조의 시간 –평균(time-average) 분자 기하학과 더 잘 일치한다.

힘장(force-field) 최적화 분자를 결정 구조 기하학과 비교하는 경우 이러한 이유로 MMFF94s 변형을 사용하는 것이 좋다. 다른 모든 파라미터는 동일하다.

그러나, 만약 당신이 도킹 시뮬레이션, 활성 솔루션 형상 또는 다른 유형의 계산 연구를 고려하고 있다면, 하나 이상의 N형상이 우세하기 때문에 MMFF94 변형을 사용하는 것이 좋다..

참고

MMFF94를 사용할 경우 해당 방법을 자세히 설명하는 다음 문서도 인용해야 한다.